1912 Wilfrid Voynich fait l'acquisition dans un collège jésuite d'un mystérieux ouvrage, au texte codé et aux illustrations singulières. Depuis lors, nombre de cryptologues et d'experts ont tenté de percer le désormais célèbre code Voynich et d'en découvrir l'auteur. 2008 Vatican. Le père Torino, un haut dignitaire jésuite, trouve dans les archives de l'Inquisition les actes d'un obscur procès en hérésie de 1560, celui d'un prêtre ayant accompagné les conquistadors espagnols dans leur conquête de l'Empire inca. Peu de temps avant son exécution, ses geôliers avaient fait une étrange découverte dans sa cellule, un manuscrit écrit dans une langue cryptée, relatant sa découverte en Amérique du Sud d'un incroyable secret menaçant les fondements même de l'Église. Le manuscrit Voynich ? C'est sur les traces de ce secret, dissimulé en Amazonie dans des vestiges de l'ancienne civilisation inca, que vont se lancer au péril de leur vie le père Torino et Pete Ross, le mari d'une universitaire ayant peut-être percé les secrets du code Voynich.